南京中医药大学历来重视创新创业教育，将“双创教育”作为人才培养结构性改革以及“立德树人”的重要内容，开展了一系列创新业教育改革，取得了丰硕成果。先后获得“江苏省大学生创业教育示范校”称号（省内唯一一所医药院校）、首批 “江苏省大学生创业示范基地”、全国“大学生KAB创业教育基地”等称号，全国“互联网+”创新创业大赛、“挑战杯”、“创青春”比赛也一直走在全国中医药院校的最前列，多年来涌现了一批优秀的“双创”青年和典型。继2015年创办江苏省首家“三创”学院后，创建了“杏林风华”创新创业实践教育中心，学校成立 “南京中医药大学创新创业实践教育工作领导小组”，领导小组组长由分管教学工作的校领导及学生工作的校领导担任，教务、团委部门负责人任副组长，科技、人事、计财、学工、研究生院等相关职能部门负责人及各学院分管教学、学生工作的领导为主要成员。领导小组负责“创新创业实践教育中心”的发展规划、“三创学院”人才培养方案设计、政策制定、工作指导及监督、考核。领导小组下设办公室，办公室设在教务处，具体负责“创新创业实践教育中心”教学工作的组织、协调和管理。

学校同时设立了创新创业教育指导专家委员会，由校内知名专家教授、青年骨干教师及校外科研院所、企事业等单位的专家组成。主要负责创新创业教育教学课程体系设计，创新创业教育实践平台建设指导等。